员工可以拒绝违章的不安全指挥。
生产、经营单位有违章指控和冒险作业情形的，从业人员有权拒绝违章指挥和冒险作业。并且不得因拒绝违章指控和冒险作业而处到处罚。
违章指挥和强令冒险作业的区别：
违章指挥和强令冒险作业都是违规的，其中违章指挥更多侧重于指挥和命令违反作业规定，但是强令冒险作业则是有专门的刑法条文的规定。
(一)侵犯的客体:是公共安全。
(二)客观方面:表现为强令违章冒险作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的行为，这里所说的强令是指明知违章并存在着很大 的危险而仍然强迫下属进行作业。
(三)犯罪主体:是一般主体，包括具有强令资格的人，通常情况下是作业的领导者、指挥者、调度者。
(四)主观方面:是过失。所谓过失是指行为 人对所发生的后果而言，而对于既违章又冒险则是明知的。
在认定重大责任事故罪时,应当注意区分重大责任事故和自然事故的界限。所谓自然事故,是指不依人的意志为转移的自然原因造成的事故,如雷电、暴风雨造成电路故障而引起的人员伤亡或经济损失。如果无人违章,纯属自然事故,不构成犯罪。此外,也应当区分重大责任事故罪与技术事故的界限。所谓技术事故,是指由于技术手段或者设备条件所限而无法避免的人员伤亡或经济损失。比如在生产和科学实验中,总会因为科技水平和设备条件的限制,不可避免地出现一些事故,造成一些损失,这不是犯罪问题,但是,如果凭借现有的科技和设备条件,经过努力本来可以避免事故发生,由于疏忽大意或者过于自信未能避免的,则可能构成重大责任事故罪。
法律依据《中华人民共和国安全生产法》（2021修订）
第五十三条:生产经营单位的从业人员有权了解其作业场所和工作岗位存在的危险因素、防范措施及事故应急措施，有权对本单位的安全生产工作提出建议。
第五十四条:从业人员有权对本单位安全生产工作中存在的问题提出批评、检举、控告;有权拒绝违章指挥和强令冒险作业。生产经营单位不得因从业人员对本单位安全生产工作提出批评、检举、控告或者拒绝违章指挥、强令冒险作业而降低其工资、福利等待遇或者解除与其订立的劳动合同。
第五十五条:从业人员发现直接危及人身安全的紧急情况时，有权停止作业或者在采取可能的应急措施后撤离作业场所。生产经营单位不得因从业人员在前款紧急情况下停止
作业或者采取紧急撤离措施而降低其工资、福利等待遇或者解除与其订立的劳动合同。
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