农村自建房补办房产证的程序为：
1、本人带身份证原件和复印件各一份到房管所进行办理房产证遗失登记。
2、房产档案馆会查阅相关的档案然后出具相应的房产权属证明。
一、自建房证明所需要的材料
1、程序：户主申请（说明申请事由，用地面积和土地类型，家庭状况）村、社签字。：本户的户口簿复印件及户主身份证复印件。划内要有《建设用地规划许可证》，规划外要办理《村、镇规划选址意见书》。原《集体土地建设用地使用证》。建房户他处没有宅基地的说明书，村主任、驻村干部进行签字。分家无房产的应要附分家协议原件。在公路旁边建房，必须要路政部门明确的意见。
2、审批面积（具体按当地的政策确定）：1－3人，按3人审批，即90平方米。4人按4人审批，即120平方米。5人以上含5人的只能审批150平方米。撤房起屋的也是如此。扩建的连同老屋的计算面积。
3、几不批：地界不清的不批。土地有着争议的不批。地质有滑坡现象的不批。禁建区的不批。界定为基本农田范围以内的不批。规划区以内的不能随便批。
4、收费标准：农村居民建房，拆房建房的在四界不动的情况之下，不收取工本费，办用地许可证。重新开宅，新占非耕地建房的不收取工本费和押金，办理用地许可证，但老屋必须要拆除后复耕。
重新开宅，新占耕地（不是水田和划为基本农田）因兄弟分家无住房确需占用的不收工本费和押金，但老屋必须拆除后复耕。耕地占用税按规定收取。除此之外，水田是一律不允许审批和占用的。
二、自建房的证明到哪里开
要开的无房证明有两种，一种是在银行审批贷款的时候需要开具的市房管局的无房证明（这里指的是外地户口的）需要的证件有（身份证，婚况的证明，户口本）。另一种是在交税过户的时候需要提供的无房证明（用来证明是否是首购的）这个无房证明是要到户口所在的房管局开具的，需要提供的证件是身份证就可以了。
列如“广州市名下无自有产权住房的证明”即由广州市房管部门出具的“个人及家庭名下的房地产登记情况查询证明”显示为“无自有产权住房”。该证明可以前往各区房地产交易登记或广州市政务办理，出具之日起30天内有效。
办理农村自建房的房产证，首先是需要满足一定的条件。由于在农村建房的宅基地需要通过审批，所以农村的自建房房产证的办理不同于城市房屋的先买房后办证。是需要先提出申请，通过审批以后，才可以建房并领取到房产证。
法律依据:
《不动产登记暂行条例实施细则》第二十条不动产登记机构应当根据不动产登记簿，填写并核发不动产权属证书或者不动产登记证明。
除办理抵押权登记、地役权登记和预告登记、异议登记，向申请人核发不动产登记证明外，不动产登记机构应当依法向权利人核发不动产权属证书。
不动产权属证书和不动产登记证明，应当加盖不动产登记机构登记专用章。
不动产权属证书和不动产登记证明样式，由自然资源部统一规定。
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