1、两者的本质不同。第三人撤销之诉本质是新诉，是对第三人实体权益的救济并且是第一次救济。案外人申请再审之诉属于再审制度，是特别救济程序。
2、两者适格主体范围不同。第三人撤销之诉的适格主体是“因不能归责于本人的事由未参加诉讼”的有独立请求权的第三人和无独立请求权的第三人，并且第三人必须是原审诉讼案件外的第三人。案外人申请再审之诉的主体，法律没有明确规定，案外人申请再审之诉的主体主要是指物权人但不限于物权中的所有权人。
3、适用的程序不同。第三人撤销之诉适用一审程序，案外人申请再审之诉适用审判监督程序。
一、执行异议之诉与第三人撤销之诉的区分
执行异议之诉涉及执行程序中，是对执行标的物有异议。第三人撤销之诉，是民事诉讼中，对法院判决裁定等生效的法律文件中所载标的物有异议，申请撤销。两种诉的申请阶段不同。
第三人撤销之诉，即为第三人因不能归责于本人的事由未参加诉讼，但有证据证明发生法律效力的判决、裁定、调解书的部分或者全部内容错误，损害其民事权益的，可以自知道或者应当知道其民事权益受到损害之日起6个月内，向作出该判决、裁定、调解书的人民法院提起诉讼。人民法院经审理，诉讼请求成立的，应当改变或者撤销原判决、裁定、调解书；诉讼请求不成立的，驳回诉讼请求。
由该规定可知，能够提起第三人撤销之诉的适格当事人既包括有独立请求权的第三人，亦包括无独立请求权的第三人。同时，第三人撤销之诉这一制度的设立除了是赋予第三人在其因故未能参加诉讼而最终权利受损时的救济诉权，其目的还在于遏制近些年来屡见不鲜的虚假诉讼。在这些虚假诉讼中，原、被告常常通过骗取法院的生效法律文书来侵害第三人的合法权益。
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