工厂加班超时应该向劳动保障行政部门投诉，提交投诉书。由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正。用人单位违反劳动保障法律、法规或者规章延长劳动者工作时间的，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。工厂超时加班投诉流程。1、从劳动部门的官网投诉入口进行投诉。2、直接拨打相关劳动部门的投诉电话，或者拨打市民热线进行投诉。3、携带相关材料到用人单位主体管辖范围内的劳动部门窗口进行投诉，交由相关人员受理，并出具受理回执。一、拖欠加班费怎么办。1、一般情况下，计算加班工资的基数应根据劳动合同中约定的工资标准确定。在不低于最低工资标准的情况下，劳资双方可以在劳动合同内自由约定合理的加班费计算基数。