公司缴纳的公积金计算方式如下：1、住房公积金月缴存额按单位月缴存额与个人月缴存额的合计数确定。2、单位月缴存额=缴存基数乘以缴存比例（元以下四舍五入），个人月缴存额=缴存基数乘以缴存比例（元以下四舍五入），合计月缴存额=单位月缴存额＋个人月缴存额。3、缴存基数为职工本人上年度月平均工资。4、住房公积金缴存基数按照职工本人上一年度年底应发工资全额进行核定，每年调整一次，缴存基数原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的3倍。每年调整时间由中心提前行文通知。5、住房公积金缴交比例统一为12%（即单位和个人各12%），同一单位实行同一缴存比例。