纳税人善意取得虚开的增值税专用发票有什么处理。纳税人善意取得虚开的增值税专用发票有什么处理纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，准许其抵扣进项税款或者出口退税。如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或者不予出口退税，购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。注：根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》第一段明确规定：购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符。