保证合同诉讼时效的处理原则有。第一、时效从属原则。即主债务诉讼时效期间的中断或者中止的法律后果，其效力当然及于保证人，在诉讼中不单独审查债权人对保证人的诉讼时效，只要对债务人(即主合同)的诉讼时效期间未完成的，将保证人列为共同被告，判令其承担保证责任。第二、时效独立原则。即主债务诉讼时效期间的中断或者中止的法律后果，其效力并不当然及于保证人，在诉讼中需要单独审查债权人对保证人的诉讼时效，对时效届满的，或者不列为共同被告，或者列为共同被告而判决其不承担保证责任。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。