两者适用的条件和性质不同。1.不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。2.免予起诉是检察机关对虽构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的被告人作出的免予追究刑事责任的决定。一、不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。由于免予起诉的取消，对于其适用的对象，则扩充到不起诉中来。根据刑事诉讼法第16条规定，刑事诉讼法修改后的不起诉决定的适用范围是。(1)情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的。(2)犯罪已过追诉时效期限的。(3)经特赦令免除刑罚的。