专项附加扣除的申报方式如下：1、由单位申报或者个人自行申报；由单位申报的，由单位按月发工资预扣税款时办理。2、个人办理的，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除。3、纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人办理上述专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，一个纳税年度内，纳税人只能选择从其中一处扣除。4、到自然人电子税务局web端申报扣除。个人所得税专项附加扣除是什么意思。1、专项附加扣除指的是，在计算综合所得应纳税额时，除了5000起征点和“三险一金”等专项扣除外，还允许额外扣除的项目，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金，以及赡养老人等专项附加扣除等六项费用。