员工辞职时，如果单位克扣工资，双方可以选择自行协商解决，协商应在自愿的基础上达成协议。如果协商不成或双方不愿自行协商，可以进行调解，也可请愿申请企业调解委员会调解，并自觉履行调解达成的协议。如果调解无果，当事人可以申请仲裁。此外，当劳动者的权益受到用人单位或非法职业中介机构等侵害时，还可以向劳动保障监察机构投诉处理。法律分析；辞职如果单位克扣工资，员工可以选择双方自行协商解决，当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议。协商不成或者双方不愿自行协商的，可以进行调解，双方也可请愿申请企业调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。调解不成的可以申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁。另外，劳动者权益受到用人单位或非法职业中介机构等侵害时，还可以向劳动保障监察机构进行投诉处理。拓展延伸；