民办非营利学校需要缴纳的税费一般有个人所得税、营业税、印花税和增值税四种。1、个人所得税：由学校聘用的基层教职员工及中层管理人员按规定支付的工资、津贴及其它财产性报酬在口径上达到法定标准的，由学校扣缴个人所得税。2、营业税：非营利性学校收取学费、收取咨询费及福利费等，属于营业收入，应缴纳营业税，如果学校所得年度营业税超过5000元，则需要到指定税局注册营业税，并且每月按照收入报税并缴纳营业税。3、印花税：如果学校发放的收据及账单达到了收费与收入的标准，则应当缴纳印花税。