案件事实查清后，检察院应根据法律规定向法院提起公诉。检察机关不批捕并不影响公诉的进行。检察院批捕后，可以办理取保候审，但较为困难。根据《刑事诉讼法》第九十条和第一百七十六条，检察院对逮捕决定进行审查，不批准逮捕时需说明理由并通知公安机关。取保候审适用于可能判处管制、拘役、有期徒刑的犯罪嫌疑人，以及患病、孕妇等情况。法律分析；如果查明案件事实还是会把案子移交到检察院审查起诉的。根据《刑事诉讼法》第一百七十六条。人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。