法律分析。会计做两套账会被税务机关查。根据《会计法》规定，不依法设置会计账簿的，由县级以上人民财政部门责令限期改正，可以对单位并处三千元以上五万元以下的罚款。对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可以处二千元以上二万元以下的罚款；属于国家工作人员的，还应当由其所在单位或者有关单位依法给予行政处分。法律依据。《中华人民共和国税收征收管理法》。第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。