（一）概念区别商业秘密是企业的财产权利，它关乎企业的竞争力，对企业的发展至关重要，有的甚至直接影响到企业的生存。商业秘密等知识产权可申请紧急保全。专利一般是由政府机关或者代表若干国家的区域性组织根据申请而颁发的一种文件，这种文件记载了发明创造的内容，并且在一定时期内产生这样一种法律状态，即获得专利的发明创造在一般情况下他人只有经专利权人许可才能予以实施。在我国，专利分为发明、实用新型和外观设计三种类型。（二）保护制度设立目的不同商业秘密是秘不示人的秘密武器，通过《反不正当竞争法》保护，目的侧重于维护公平竞争。专利是国家授予的一项合法垄断权，通过《专利法》保护，目的侧重于鼓励创新。