每日千分之三的违约金的计算方式是将本金乘以千分之三，这是根据我国相关法律规定和交易习惯所确定的。违约金是一种合同经济方式，用于对违约行为进行经济制裁，以保证债务的履行。违约金的标准可以依法规定或双方在合同中书面约定。法律分析；根据我国相关法律的规定和交易习惯，每日千分之三的违约金的计算方式一般是用本金乘以千分之三。违约金是合同经济方式的一种，也是对违约的一种经济制裁。违约金的设立，是为了保证债的履行，违约金的标准依法规定或双方在合同中书面约定。