如果上班途中非本人主要责任的交通事故可以视为工伤,那不用扣工资.工伤治疗期间的工资要正常发放。其他如医疗费等补偿是由工伤保险支付,公司没有给员工购买工伤保险,由公司全部承担。
法律依据:《中华人民共和国劳动合同法》 第四条 用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度,保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时,应当经职工代表大会或者全体职工讨论,提出方案和意见,与工会或者职工代表平等协商确定。薪金奖惩制度属于涉及劳动者切身利益的重大规章制度,如果公司的规章制度未通过民主程序制定,则对公司员工不具有约束力,以这样的规章制度来对扣发员工的工资。
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