会罚款。企业办理营业执照但未及时办理税务登记证，由税务机关责令限期改正；可以处以二千以下罚款，情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款。第六十条规定：“纳税人有下列行为之一的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款：未按照规定的期限申报办理税务登记、变更或者注销登记的；未按照规定设置、保管账簿或者保管记账凭证和有关资料的；纳税人不办理税务登记的，由税务机关责令限期改正；逾期不改正的，经税务机关提请，由工商行政管理机关吊销其营业执照。法律依据：《中华人民共和国企业法人登记管理条例施行细则》。第三十三条登记主管机关应当对申请单位提交的文件、证件、登记申请书、登记注册书以及其他有关文件进行审查，经核准后分别核发下列证照。