农村土地承包经营权不同方式确权登记操作流程如下：（一）家庭承包方式登记。1.准备前期资料。2.入户权属调查。3.测量地块成图。4.公示审核。5.建立登记簿。6.完善承包经营权证书。7.建立农村土地承包管理信息系统。8.资料归档。（二）其他承包方式登记。采取招标、拍卖、公开协商等方式登记，当事人申请土地承包经营权登记，按照《农村土地承包经营权证管理办法》有关规定办理登记。对境外企业、组织和个人租赁农村集体土地，暂不予登记。参照家庭承包方式登记的相关程序。（三）存在争议的确权登记。先由国土部门明确土地所有权，再按照相关程序对所涉及土地的承包经营权进行登记，土地所有权一时难以明确的暂缓登记。一、土地流转费与土地承包费的区别。