合作协议纠纷起诉管辖法院这一问题，解答如下：一、对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。二、下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖。原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。(一)对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼。(二)对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼。(三)对被采取强制性教育措施的人提起的诉讼。(四)对被监禁的人提起的诉讼。三、因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。