40万工程款税率按以下标准缴纳：1、营业税：按工程结算款计算缴纳营业税，税率3%。2、个人所得税：按工程结算款计算缴纳个人所得税，税率1%3、城建税：按营业税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为7%。纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%。纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为1%。4、教育费附加：按营业税计算缴纳，税率3%。5、印花税：按建筑安装工程承包合同金额的0.3‰计算缴纳。法律依据：《建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法》第十三条 对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。但一方已经处置的，另一方不得重复处置。