快递公司丢失发票的赔偿标准是按照完全损毁赔偿，有约定按约定保额全额赔付，无约定参照快件丢失赔偿规定执行。发票管理法要求开具发票的单位和个人在办理变更或注销税务登记时同时办理发票和领购簿的变更、缴销手续。开具发票的单位和个人应按税务机关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已开具的发票存根联和登记簿应保存5年，期满后经税务机关查验后销毁。法律分析；快递公司把发票给弄丢了的赔偿标准是：按照完全损毁赔偿，有约定的按约定的保额全额赔付，没有约定的，参照快件丢失赔偿的相关规定执行。一般按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律客观。