商标局认定恶意注册商标的方式包括以下。1、根根据注册成功后是否自己使用来认定。2、根据是否直接控告被抢注人侵权，并提出赔偿请求来认定。3、根据是否对被抢注人高价转让或高价许可使用该商标来认定。4、其他认定方式。【本文关联的相关法律依据】。《商标法》第四十五条。已经注册的商标，违反本法第十三条第二款和第三款、第十五条、第十六条第一款、第三十条、第三十一条、第三十二条规定的，自商标注册之日起五年内，在先权利人或者利害关系人可以请求商标评审委员会宣告该注册商标无效。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。